Назва міста походить від місця проживання перших поселенців — «за ліщиною», хоча правдивішою виглядає версія, що назва утворилась від первісної назви поселення — Залісся, що пізніше стало Залісще, і вже кінцевий варіант — Заліщики. За історичними дослідженнями О. Тура перші письмові згадки про Заліщики відносяться до 1340 року. Територія Заліщиків була заселена людьми з давніх-давен. На території міста знайдено старожитності пізнього палеоліту, трипільської, липицької, ранньослов'янської та давньоруської культур.

Село Заліщики з'явилось на землях села Дубровляни (Добрівляни) як виселок близько 1469 року, котрий був відомий під назвою Залісся, у XVI ст. — Залісще. Назва Заліщики зафіксована після 1578 року.

1594 року польний коронний гетьман Станіслав Жолкевський у Заліщиках збирав військо для відсічі татарам, які того року спалили міста прикарпатські Галич, Долина, Тлумач, Чешибіси, Калуш, Снятин, Тисмениця під час нападу на Галичину через прорахунки коронного комадування. Татари цього разу не брали в полон через те, що збиралися в далекий похід.

Нинішнє місто засноване близько 1750 року на землях однойменного села, яке з появою міста стало називатися Старими Заліщиками.

За часів Польщі земля, на якій виникли Заліщики, перейшла у власність магнатів Любомирських, від них до краківського каштеляна Станіслава Понятовського. 30 серпня 1754 року король Август ІІІ нада привілей напроведення 4-х торгів у селі Заліщики, яке входило до Дзвиняцького «ключа». У 1760 чи 1763 році за його сприяння збудовано костел святого Станіслава.

У 1774 році Заліщики отримали статус повітового міста — було утворено Заліщицький округ. Тоді на гербі Заліщиків можна було побачити ратушу, над нею єдинорога — символ мужності та військової звитяги. Єдиноріг уособлював швидкість коня та ударну силу рога бика.

Після створення Західно-Української Народної Республіки (ЗУНР) у листопаді 1918 року багато жителів міста та повіту вступили до Української Галицької армії.
Наприкінці квітня 1919 частини південного угруповання Армії УНР потягами прибували на станцію Заліщики з Румунії. Звідси похідним порядком через Тернопіль прямували на Радивилів — місце перебування Директорії УНР, уряду та військового керівництва.
На початку червня 1919 року Заліщики кілька днів були столицею Західно-Української Народної Республіки — тут перебував її уряд.
9 червня 1919 року в Заліщиках Президент ЗУНР Євген Петрушевич був проголошений уповноваженим Диктатором ЗУНР. У Заліщиках видав свої перші укази.

25 березня 1944 в місті з'явилися СМЕРШівці, почались доноси, арешти. Чимало містян опинилися в підвалах НКВС, звідки не всі вийшли живими. В місті було сформовано Заліщицький штрафний ударний проривний батальйон чисельністю понад 800 осіб, який прибув на фронт у Прибалтиці в жовтні 1944. З першого складу після війни залишились живими не більше 20 чоловіків.

У повоєнні роки відбудовувалися зруйновані промислові підприємства, будинки, дороги, ставали до ладу цегельний і консервний заводи, харчокомбінат, було запущено в дію пекарню, маслоробний завод, створено кукурудзяно-калібрувальний завод, текстильно-галантерейну фабрику і фабрику господарсько-побутових товарів.

У 2016 році Заліщики відзначили пам'ятну дату — 250-річчя з часу надання Магдебурзького права та День міста. З цієї нагоди у місті відбувся дводенний фестиваль «Заліщики-Фест». Напередодні Заліщицька міська рада, заручившись підтримкою підприємців міста, здійснила благоустрій парку Молодіжного, де відбувалися святкування. Тут здійснено поточний асфальтний ремонт центральних алей, прокладено освітлення, встановлено нові ліхтарі, лавки, урни для сміття, зроблено реконструкцію оглядового майданчика.

Силами органів місцевого самоврядування та громади поступово відновлюють пам'ятку садово-паркового мистецтва — Заліщицький центральний парк, у якому налічуються десятки рідкісних дерев та рослин.